Bij de merrie is de vruchtbaarheid sterk afhankelijk van het seizoen, het is een zogenaamde 'season breeder'. De beste tijd om een merrie drachtig te krijgen is van eind april tot en met eind juli. Een merrie is ongeveer iedere drie weken hengstig. De hengstigheid duurt ongeveer 5-7 dagen en de eisprong (ovulatie) vindt ongeveer 1-2 dagen vóór het einde van de hengstigheid plaats. Het optimale dekmoment kan bepaald worden met behulp van een schouwhengst of door middel van echografisch onderzoek. Met het scanapparaat wordt de grootte van de eicel bepaald en op basis daarvan wordt het moment van dekken cq. insemineren ingeschat. Binnen twee dagen na inseminatie wordt de merrie opnieuw gescand om te controleren of de eisprong heeft plaats gevonden. Als dit niet het geval is, moet ze opnieuw geïnsemineerd worden. Wanneer een merrie geïnsemineerd is, wordt rond dag 18 na de ovulatie gecontroleerd of ze ook daadwerkelijk drachtig is. Het is verstandig om dit ongeveer 6 weken na ovulatie opnieuw te laten doen, vanwege het optreden van vroege embryonale sterfte. Mocht er een dubbele ovulatie hebben plaats gevonden, dan is het aan te raden om al op dag 14-15 te scannen in verband met de kans op een tweeling. Tweelingdracht bij de merrie is ongewenst, omdat deze bijna altijd geaborteerd worden. Wanneer er sprake is van een tweelingdracht kan één van de vruchtjes ‘gecrusht’ worden.
Niet alle merries worden onmiddelijk en even makkelijk drachtig. Daar kunnen verschillende oorzaken voor zijn, zoals een onregelmatige cyclus, een baarmoederontsteking of een slecht sluitende schede, eventueel in combinatie met luchtzuigen. Soms is het erg moeilijk een oorzaak aan te wijzen van het niet drachtig worden, maar uitgebreid gynaecologisch onderzoek, mogelijk aangevuld met het nemen van een slijmmonster van de baarmoeder of het dichtzetten van de merrie, kan hierbij uitkomst bieden.
